Zgodnie z Podrozdziałem 6.4 pkt 4 Wytycznych w zakresie kwalifikowaloności wydatków w zakresie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014-2020 (zwane dalej: „Wytyczne") wskazuje, że „ za kwalifikowane mogą byś uznane zaliczki (na określony cel) wypłacone na rzecz wykonawcy, jeżeli zostały wypłacone zgodnie
z postanowieniami umowy zawartej pomiędzy beneficjentem a wykonawcą, przy czym, jeżeli umowa została zawarta na podstawie ustawy pzp, zastosowanie ma art. 151a tej ustawy¹"
Zaliczka z definicji stanowi część należności wpłaconej lub wypłaconej z góry na poczet tej należności. Jak wskazuje się w piśmiennictwie „instytucja zaliczki nie została szczegółowo uregulowana
w Kodeksie cywilnym. Zasady jej funkcjonowania należy wyprowadzić bezpośrednio z przepisów kodeksu cywilnego dotyczących wykonywania umów wzajemnych. Umowa wzajemna to umowa,
w której obie strony zobowiązują się w taki sposób, że świadczenie jednej z nich ma być odpowiednikiem świadczenia drugiej. Zaliczka jest kwotą, która zostaje zaliczona na poczet przyszłych świadczeń wynikających z umowy zawartej miedzy stronami. Nie stanowi ona w przeciwieństwie do zadatku formy zabezpieczenia umowy. Stanowi jedynie część jej ceny. Wypłaconą kwotę uznajemy za zaliczkę tylko w sytuacji, gdy wynika to jednoznacznie z zawieranej umowy. W przypadku braku odpowiedniego określenia w umowie, każda inna przedpłata będzie stanowić zadatek (zob.http://serwisy.gazetaprawna.pl/poradnik-konsumenta/artykuly/728157,czym-rozni-się-zadatek-od-zaliczki-i-co-jest-lepsze-przy-zawieraniu-umowy.html)".
Mają na uwadze powyższe, co do zasady zaliczki powinny być stosowane przez beneficjentów w cele umożliwienia realizacji wsparcia, czyli gdzie jest to niezbędne oraz na racjonalnych warunkach.
W przeciwnym razie, wykazane zaliczki mogą być uznane za wydatki niekwalifikowane.
Należy jednak pamiętać, że zgodnie z podrozdziałem 6.2 pkt. 3 lit. f g, j Wytycznych, wydatkiem kwalifikowanym jest wydatek, który: „jest niezbędny do realizacji celów projektu i został poniesiony
w związku z realizacją projektu", „został dokonany w sposób przejrzysty, racjonalny i efektywny,
z zachowaniem zasad uzyskania najlepszych efektów z danych nakładów", „dotyczy towarów dostarczonych lub usług wykonanych lub robót realizowanych, w tym zaliczek dla wykonawców".
W związku z tym, że choć wypłata zaliczki będzie wydatkiem kwalifikowanym należy zweryfikować spełnienie ww. podstawowych warunków kwalifikowalności. Wydatki w ramach projektów PO WER mogą również podlegać analizie pogłębionej na etapie weryfikacji wniosku o płatność.