Beneficjent realizuje projekt na podstawie wniosku o dofinansowanie, który został zatwierdzony przez IP na etapie oceny projektów. Istnieje jednak możliwość wprowadzania pewnych zmian i modyfikacji w projekcie.
Warunkiem wprowadzenia zmian jest:
1. Zgłoszenie proponowanych modyfikacji w SL2014 i Systemie Obsługi Wniosków Aplikacyjnych oraz przekazanie aktualnej wersji wniosku o dofinansowanie,
2. Uzyskanie pisemnej akceptacji IP.
Jednak nie wszystkie zmiany projektu wymagają informowania IP. Beneficjent ma możliwość dokonywania przesunięć w budżecie projektu określonym w zatwierdzonym wniosku o dofinansowanie projektu, do 10% wartości środków alokowanych na zadanie, z którego przesuwane są środki oraz na zadanie/zadania, na które przesuwane są środki. Dokonywanie takich przesunięć nie wymaga informowania IP, pod warunkiem, że przesunięcia te:
1) Nie będą zwiększać łącznej wysokości wydatków dotyczących cross-financingu;
2) Nie będą zwiększać łącznej wysokości wydatków dotyczących zakupu środków trwałych;
3) Nie będą zwiększać łącznej wysokości wydatków dotyczących wydatków ponoszonych poza terytorium kraju i UE;
4) Nie będą zwiększać łącznej wysokości wydatków dotyczących zadań zleconych;
5) Nie będą wpływać na wysokość i przeznaczenie pomocy publicznej przyznanej Beneficjentowi;
6) Nie będą dotyczyć kosztów rozliczanych ryczałtowo.
Do czasu zatwierdzenia zmian przez IP, Beneficjent ponosi wydatki na własne ryzyko.